新昌县长诏水库运行管理中心，前身为新昌县长诏水库管理局，经县委同意于2019年9月正式更名，由县农林水集团代为管理。

长诏水库运行管理中心为差额拨款事业单位，公益二类。中心下设综合科、财务科、工程管理科、资源安保科。主要负责长诏水库区域范围内的防汛抗旱、调度运行、饮用水源地保护、水库安全管理（大坝工程安全、森林消防、饮用水源安全等）及库区综合管理，并做好各级水利部门的联系工作和库区周边村的协调工作。目前，实际在长诏水库运行管理中心工作的共有32人，包括在编事业人员25人，企业人员7人。